La propiedad es ejercida en EPM por el Municipio de Medellín por medio del Alcalde, quien oficia como Presidente de la Junta Directiva y designa al Gerente General, así como a los demás miembros de la Junta Directiva; de los cuales 5 son de su libre nominación y 3 escogidos entre los vocales de control inscritos en los Comités de Control Social de Servicios Públicos.
No obstante, cualquier decisión que modifique las condiciones estatutarias de la Empresa, la política de dividendos o los acuerdos que rigen el funcionamiento de la entidad, debe ser discutida y aprobada en el Concejo de Medellín- corporación administrativa de elección popular.
EPM es una empresa autónoma que desde su creación en 1955 opera de forma independiente del Municipio. La participación de éste en la Empresa está sometida a las reglas previstas en el artículo 27 de la Ley 142 de 1994, en la condición de ser el Municipio propietario único de la empresa industrial y comercial del Estado del orden municipal.
EPM y el Distrito de Medellín, tradicionalmente, han propendido por independizar los roles en que se cruzan las actividades de ambos entes y que se resumen principalmente así:
Dicha independencia redunda en una gestión más eficiente y en una mayor transparencia en las actuaciones de cada entidad, por lo que se tienen formalizados diferentes canales de comunicación con el Municipio para cada uno de los roles que desempeña, así:
Según el Acuerdo No. 69 de 1997, mediante el cual se transforma en una Empresa Industrial y Comercial del Estado, EPM debe entregar dividendos al Municipio (transferencias) equivalentes al 30% de la Utilidad Neta ajustada (Utilidad Neta antes de ajustes por inflación menos impuestos). No obstante, en casos excepcionales y a solicitud del Alcalde de Medellín, se pueden decretar dividendos por encima de este monto, los cuales deben ser aprobados por el Concejo Municipal. El Consejo Municipal de Política Económica y Social (COMPES) determina el monto de excedentes a ser transferidos cada año.