EPM cuenta con una Junta Directiva integrada por las siguientes personas, a saber:
- El Alcalde de Medellín, quien la preside, o el delegado que él designe para que lo reemplace en las ausencias temporales. Éste deberá ser funcionario de la administración municipal.
- Cinco (5) personas designadas libremente por el Alcalde de Medellín.
- Tres (3) personas escogidas por el Alcalde de Medellín, entre los vocales de control registrados por los Comités de Desarrollo y Control Social de los Servicios Públicos Domiciliarios. De esta manera, se asegura la participación de los usuarios en la gestión de la Empresa.
- En la Junta Directiva tienen voz: el Gerente General, el Secretario General y los demás funcionarios y personas a quienes le sea otorgada.
Para la selección de miembros de la Junta Directiva, el Alcalde considerará criterios de independencia, formación académica, experiencia empresarial/laboral, honestidad y solvencia moral, con miras a escoger personas de las más altas calidades académicas, profesionales y humanas.