La administración de EPM, su representación y la gestión de sus negocios están a cargo del Gerente General, quien tiene facultades para celebrar o ejecutar, sin otras limitaciones que las establecidas en los estatutos, todos los actos comprendidos en su objeto o que se relacionen directamente con su existencia o funcionamiento.
Otros empleados podrán tener, por delegación con responsabilidad, del Gerente General, la representación de EPM en los asuntos expresamente señalados por éste en el acto administrativo que ello disponga. A partir del 01 de enero de 2024 ejerce el cargo de Gerente General John Alberto Maya Salazar.