El componente de Entomología del SVE se encarga de ejecutar monitoreos bimestrales y trimestrales, donde se realizan muestreos por diferentes técnicas de recolecta, de artrópodos, especialmente, insectos que son transmisores de enfermedades (vectores), es decir, que son de importancia médica y en salud pública dentro del área de influencia de la CH. Algunos de ellos, responsables de la transmisión de dengue, zika, chikungunya, malaria, leishmaniasis, enfermedad de Chagas, fiebre amarilla, miasis, entre otras. Estos monitoreos se llevan a cabo en diversos sitios del área de interés de la CH, como embalse, centros de acopio de material vegetal, comunidades y obras.
La recolección de los insectos y otros artrópodos se lleva a cabo mediante varios métodos, cumpliendo las directrices técnicas del Ministerio de Salud y Protección Social de Colombia y la Organización Mundial de la Salud. En los campamentos y comunidades se utilizan trampas de luz CDC en el intra, peri y extradomicilio, además de las anteriores, trampa Shannon y cebo humano protegido en el extradomicilio. Adicional a ellas, en el embalse y los centros de acopio de material vegetal se utilizan trampas Van Someren-Rydon con cebo. Por otro lado, se efectúa la búsqueda activa en criaderos naturales y artificiales para larvas de mosquitos en toda la zona.